Linux-Aktivaattorin perusti pieni ryhmä Linux-aktiiveja vuonna 2001. Tuolloin ideoitiin Linux- ja pelitapahtumaa, jota ei kuitenkaan koskaan toteutettu, koska ajatus kaksi erilaista osa-aluetta käsittävästä tapahtumasta vaikutti liian sekavalta.
Sittemmin Linux-Aktivaattorin toiminta-ajatus on laajentunut. Lukuisissa keskusteluissa yhdistykselle luonnosteltiin ja viimeisteltiin visio ja missio. Näin selkiytettiin, mitä Linux-Aktivaattori haluaa saada aikaan: edistää Linuxin ja muiden avoimen lähdekoodin ohjelmistojen käyttöä Suomessa.
Vuonna 2002 aloitti toimintansa Turuxi[1], Turun paikallinen käyttäjäryhmä. Turuxista on kasvanut aktiivinen työryhmä, jonka säännöllisissä tapaamisissa on kiinnostavia esityksiä avoimeen lähdekoodiin liittyvistä aiheista. Turuxi järjestää myös vuosittain AOP (Avoimien ohjelmien päivä) -tapahtuman. Linuxista kiinnostunut yleisö voi tulla tapahtumaan kokeilemaan Linuxia, seuraamaan monipuolisia esityksiä ja tapaamaan Linuxia ja avoimen lähdekoodin ohjelmia käyttäviä ihmisiä.
Vuonna 2005 Linux-Aktivaattori toimi kuudennen vuosittaisen Debian-konferenssin (DebConf5[2]) vastuullisena järjestäjänä Espoon Otaniemessä. Yhdistys hoiti tapahtuman taloudenhoidon, rahaliikenteen, sopimus- ja vakuutusasiat sekä oli tiiviisti mukana järjestelyissä. Konferenssissa oli n. 300 osanottajaa